След многократни опити да подкарам някой флаш ъплоудър със zend framework, разбрах че проблема е в флаша нито в зенд-а. При изпращането на заявката флаша изчиства PHPSESSION, задари която Zend_Auth мисли че логнат потребител и с 302 редиректва потребителя. Решението което намерих е следното.
1. Задава се параметър със стойност session_id() или Zend_Session::getId(), който се изпраща от флаша при ъплоад
2. Веднага след session_start() или в Bootstrap.php се взема променливата и се записва в сесията ($_SESSION['PHPSESSION'] = $_POST['var'])

По този начин си гарантирате предаването на сесията.